搜索是我们每天都在做的事情。我们早上起床找手机，出门前查公交车，坐下后查资料，分析数据查规律。查找文件、查找信息、查找错误是需要应用的更具体的任务，而Linux命令行为我们提供了许多快速而强大的查找方法。command/executableprogramsearchwhereisprogram_name：会在系统默认安装目录（通常是有root权限的情况下默认安装的软件）中搜索包含给定查询关键字的二进制文件、源代码和文档。（默认目录有/bin、/sbin、/usr/bin、/usr/lib、/usr/local/man等类似路径）whichprogram_name:会给出环境变量中所有程序的路径，方便一来知道运行的程序在哪里，二来方便修改。比如vim`whichsp_pheatmap.sh`可以直接修改绘制热图的脚本，cp\whichsp_pheatmap.sh`.`可以直接将源码复制到当前目录，省去了写完整路径的麻烦。如果运行whichbwa，系统返回/usr/bin/which:nobwain(/home/usr/bin:/bin)，也就是说bwa没有放在环境变量中，不能通过写其直接调用姓名。普通文件快速定位locatelocate是一种快速查找定位文件的好方法，但是它依赖于updatedb建立的索引。而updatedb一般一天运行一次，所以无法索引当天的新文件。如果你有root用户权限，你可以手动运行updatedb进行更新，然后找到bwa。（个人用户也可以自己搭建updatedb，在本地环境中使用locate进行搜索。）普通文件多条件搜索findfind/-namebwa可以搜索根目录下所有名为bwa的文件运行上述命令时，很多Permissiondenied会输出，因为作为普通用户，有些目录没有权限访问，所以会有提示输出，可以使用find/-namebwa2>/dev/null将标准错误重定向到空设备，错误消息将被丢弃。影响正常输出。搜索我们按时间开发的在线绘图网站（www.ehbio.com/ImageGP）。为了跟踪用户每天遇到什么问题，需要每天定时查看日志。此命令查找.-name*.log-mmine-60可以查看当前目录（包括所有子目录）一小时内修改的日志文件。借助head，您可以查看各个日志文件的内容，方便您查看使用过程中出现了哪些错误，如何添加提示或修改绘图程序。就是因为这个利器，前台的报错信息里出现了这么一句话，如果检查后数据和参数没有问题，请过一天再试。如果有程序问题，我们通常会在1天内解决。当然，后台数据存储是有时间戳的，如果没有报错，直接删除数据。如果有报错，会保留日志，不会泄露用户信息。别担心这个。现在绘图网站越来越稳定，问题越来越少，前端提示也越来越完善。希望大家在使用的时候多看提示，少看日志的频率。使用查找。-name*.log-mtime-1查看24小时后的日志。这也有一个问题。每次检查的时间可能不一致、缺失或重叠，所以检查一次log后，使用touchcheck在当前目录下新建一个空文件。稍后检查日志文件时，只需使用find。-name*.log-newercheck以获取上次检查后的所有新日志。每次观看后做个书签就方便多了。慢慢发现有空的日志文件，使用find。-name*.log-newercheck-size+0将它们过滤掉，只保留size大于0的文件。就这样，在小伙伴们的精明和辛勤维护下，我们的绘图网站已经提供了近10万次服务超过30,000名用户。近期绘图网站新增了曼哈顿图、PcOA、CPcOA和Sankey图的绘图，近期将发布更新文档，欢迎使用。按类型和大小查找如果我想获取当前目录下所有的png和jpg图片怎么办？使用查找。\(-name"*.png"-o-name"*.jpg"\)|少还是找。-regex".*\(\.png\|\.jpg\)$"找到.-typef-size+100G可以获取大小超过100G的文件。限制搜索深度，只查看当前目录find的第2级子目录中的文件。-最大深度2-名称*.log。查看不以logfind结尾的文件。-不是-name*.log。还有更多组合操作，详见find文档。按文件内容搜索grepfind能找到包含某句话的文件吗？说说我们的日志，找到。-name*.log-execgrep-l'错误'{}\;可以返回所有包含单词Error的文件名。寻找。-名称*.log|xargsgrep-l'Error'也有效。grep-rl'Error'*也可以，不加-l，也可以顺便返回匹配的行。匹配行前后grep-A5-B1'Bioinfo'ehbio.log可以查看匹配行的第一行（B，之前）和最后5行（A，之后）。Numberofmatchesgrep-c'Bioinfo'ehbio.log可以统计包含Bioinfo的行数grep-ci'Bioinfo'ehbio.log匹配时会忽略大小写。统计FASTA序列grep'^>'ehbio.fa中的序列数统计FASTQ序列grep'^+$'ehbio.fq中的序列数。（^表示以什么开头，$表示以什么结尾）。getunmatchedlinesgrep-v'Bioinfo'ehbio.log，阅读手册（mangrep），你可以看到更多的参数使用。序列提取假设有一个基因列表文件（ID）和一个单行序列FASTA文件（ehbio.fa），运行以下命令grep-A1-Fw-fidehbio.fa|grep-v--'--'可以批量提取序列。-fid表示将id文件中的每一行作为匹配模式。-F表示匹配模式作为原始字符串使用，而不是正则表达式，这是为了防止特殊字符被解析。-w表示匹配为单词，即如果id中有Sox2，则匹配Sox2和Sox21；如果你加上-w，它将不匹配Sox21。为了更好地批量提取序列，请参阅awk用法。模式匹配grep的强大功能是支持正则匹配。默认使用基本正则表达式，-E使用扩展正则表达式，-P使用perl格式的正则表达式。例如，如果要删除文件中的所有空行，grep-v'^$'ehbio.fa>ehbio.clean.fa;从公众号articlesgrep'writ.*'*.md中搜索文章写作相关的文章（可以匹配write、writing等）；正则表达式比较多，详见http://mp.weixin.qq.com/s/4lUiZ60-aXLilRk9--iQhA。
