如果一个命令需要在服务器上长时间运行，通常会用到nohup命令。正在运行的命令不会因此而被迫停止。一般情况下，nohup是和&一起使用的，&表示在后台执行命令。如下：nohupexample.sh&通过&在服务器后台运行exmaple.sh，nohup保证即使当前ssh远程连接中断，example.sh仍然可以在远程服务器继续运行而不受影响。最近有两个配对的测序文件需要和参考基因组比对，可以通过bwa来完成。同时由于文件比较大，运行时间长，为了避免网络连接不稳定导致ssh中断，使用nohupnohupbwamemref.faread1.fq.gzread2.fq.gz>read12。sam&合并两个测序文件并生成一个sam文件。写好命令后，按下回车键，就会有“啪”的一声，非常棒的体验。那就不管了，十几个小时后，生成了一个大文件read12.sam。但是用sam文件生成bam文件时提示sam文件有错误！！！【浪费了十几个小时的计算】仔细查看了sam文件，发现程序运行的结果和程序运行过程中的指令输出到同一个文件！1.标准输出和标准错误标准输出（standardoutput）是结果的默认输出处。例如，在bash中，[plain]viewplaincopy$echo'hello'hello处于默认状态，'hello'isoutputtoyourterminal（终端）显示。再比如通过cat命令显示一个文本文件，[plain]viewplaincopy$cathello.txtHello!这是一个测试！但是，如果当前路径下不存在该文本文件，则会输出错误：此类文件或目录”是标准错误（standarderror）。2.重定向输出默认情况下，标准输出和标准错误都会显示在终端中。如果标准输出不是要在终端输出，而是要输出到另一个文件，这个时候就是重定向输出，可以通过“>”符号来实现。echo'hello'>hello.txt会向hello.txt文件输出“hello”，系统会新建一个文件，如果路径中存在该文件，旧文件将被覆盖。也可以使用“>>”符号，它不会覆盖旧文件，但会在旧文件中添加“hello”。那么，这里有一个问题，是不是所有输出到终端的都可以重定向到一个文件中呢？比如如果是标准错误，是否可以通过“>”输入到文件中？[plain]查看plaincopy$catNo_exist.txt>output.txtcat:No_exist.txt:Nosuchfileordirectory结果证明：没有！output.txt还是一个空文件，错误内容并没有出现在文件中，还是显示在终端！所以不能直接通过“>”将标准错误输出到文件中！那么我们应该如何将标准错误输出到文件中呢？3、文件描述符在bash中，通常用三个整数来表示标准输入（0）、标准输出（1）和标准错误（2）。如果想把标准错误输出到一个文件中，可以使用catNo_exist.txt2>tt.txt这时候在tt中就会出现标准错误“cat:No_exist.txt:Nosuchfileordirectory”。txt文件。同理，我们可以将标准错误输出重定向到标准输出，2>&1如[plain]viewplaincopy$catNo_exist.txtcat:No_exist.txt:Nosuchfileordirectory$catNo_exist.txt2>&1cat:No_exist.txt:Nosuchfileordirectory虽然它们在终端上的输出看起来一样，但它们的身份是不同的。第一个是以标准错误的形式输出，而第二个是标准输出。我们可以通过管道符号来验证它们的区别。[普通]查看plaincopy$catNo_exist.txt|sed's/or/and/'cat:No_exist.txt:没有那个文件或目录$catNo_exist.txt2>&1|sed's/or/and/'cat:No_exist.txt:Nosuchfileanddirectory现在可以看到区别了，第一个标准错误不能通过管道符号将“or”替换为“and”，第二个是标准输出，可以用管道符号把里面的“or”换成“and”。同理，标准输出也可以重定向到标准错误"1>2&"那么回过头来看原题，为什么nohup会同时计算结果和操作的描述呢处理输出到同一个sam文件？为简单起见，使用以下代码(example.sh)在nohup中重现错误。[plain]viewplaincopy!/bin/bashecho“这是结果！”sleep1echo"sleepfor1s">&2echo"这也是结果！"sleep2echo"secondsleepfor2s">&2wheretheprocessdescriptionsleepispassed>&2出现在标准错误上，而结果输出在标准输出上。正常情况下运行：[plain]viewplaincopy$./example.sh>outcome.txtsleepfor1ssecondsleepfor2s$catoutcome.txtthisisoutcome！这也是结局！标准错误直接输出到终端，运行结果输出到outcome.txt，没有任何问题。但是在nohup的情况下，这种情况发生了变化。在nohup的描述中提到“如果标准输出在终端，那么输出的内容会被添加到'nohup.out'文件中；如果标准错误输出在终端，那么输出的内容就会被重定向到标准输出”。这意味着除非另有说明，否则标准输出和标准错误将被重定向到同一个地方。如下，[plain]查看plaincopy$nohup./example.shappending输出到nohup.out$catnohup.outthis是outcome！sleepfor1s这也是结果！secondsleepfor2s不仅出现在nohup.txt文件中我认为想要的运行结果，还有我不想要的运行过程！这也解释了为什么我的sam文件中有很多不应该属于该文件的内容。既然知道了原因，解决问题就不难了。我们可以通过重定向输出的方式，将运行结果和运行过程输出到不同的文件中。[plain]viewplaincopy$nohup./example.sh2>stderr.log1>outcome.txt$catstderr.logsleepfor1ssecondsleepfor2s$catoutcome.txt这就是结果！这也是结果！以标准错误的形式输出到stderr.log，将结果以标准输出的形式输出到outcome.txt。所以本文开头提到的命令可以改为：nohupbwamemref.faread1.fq.gzread2.fq.gz1>read12.sam2>read12.log&summary默认情况下nohup，标准错误和standard输出将被重定向到同一个文件；通过文件描述符(0,1,2)控制输出内容；养成良好的输出控制习惯，区别对待标准输出和标准错误。
