MongoDB是一种非关系型数据库，它以文档的形式存储和处理数据。文档是一种灵活的数据结构，可以包含任意数量和类型的字段，而不需要预先定义表结构。这使得MongoDB可以适应各种应用场景，支持动态的数据模型和快速的开发。
但是，MongoDB的文档并不是直接存储在磁盘上的。MongoDB使用了一种称为BSON（Binary JSON）的二进制格式来表示文档，它是JSON的扩展，增加了一些额外的数据类型，如日期、二进制、ObjectId等。BSON既保留了JSON的可读性和易用性，又提高了存储空间和性能。
MongoDB将BSON文档组织成集合（collection），每个集合相当于关系型数据库中的表（table）。集合中的文档可以有不同的结构和大小，但通常都有一些共同的字段或主题。集合也可以分成多个分片（shard），每个分片存储在不同的服务器上，实现水平扩展和负载均衡。
MongoDB使用了一种称为WiredTiger的存储引擎来管理磁盘上的数据文件。WiredTiger是一种高性能、事务性、压缩的存储引擎，它使用了一种称为LSM树（Log-Structured Merge Tree）的数据结构来组织数据。LSM树是一种基于日志的数据结构，它将内存中的数据定期刷新到磁盘上，并且在后台进行合并和压缩操作，以减少磁盘空间占用和提高查询效率。
WiredTiger还支持多种索引类型，如B树、哈希、地理空间、全文等，以加速不同类型的查询。索引是一种辅助数据结构，它存储了集合中某些字段或表达式的值和位置，以便快速定位符合条件的文档。索引可以大幅提高查询性能，但也会增加写入开销和存储空间。
MongoDB使用了一系列底层数据结构和技术来实现高效、灵活、可扩展的数据存储和管理。了解MongoDB的内部原理有助于我们更好地使用和优化这种数据库。