iOS9.1是一个相当稳定的版本，至少刚发布时是这样的印象，到现在已经发布快两周了，而且一些严重的问题已经开始出现。其中两个问题困扰着大量用户。第一个问题是连接到AppStore。受影响的用户无法访问AppStore、更新应用程序或检索下载历史记录。即使您注销并登录您的AppleID，仍然无法修复。对于一些不幸的用户来说，问题超出了AppStore，所有使用AppleID登录的功能都会受到影响，例如GameCenter和AppleMusic。许多用户遇到的第二个主要问题是TouchID。在某些设备上，TouchID识别速度变得很慢，或者变得不稳定，最坏的情况是完全没有反应。部分用户强制重启后可以暂时修复，但过一会又出现该问题。此前，以上两个问题只能通过从iOS9.1降级到iOS9.0.2来解决，但现在苹果已经暂停了iOS9.0.2的认证。由于很多人受到影响，外媒《福布斯》甚至直接联系了苹果，但苹果目前还没有回应。
