英特尔、联想、华大基因加速新型冠状病毒基因组分析。来自英特尔和联想的专业技术和生命科学专家将携手合作,为华大基因研究人员提供全新的大数据分析技术和计算资源,进一步提升其基因测序工具的分析能力,更高效地研究新型冠状病毒基因组特性。 英特尔和联想联合向华大基因提供的技术包括一个大型高性能计算集群,可用于处理来自华大基因DNBSEQ-T7测序系统的高通量数据reads。华大基因的研究人员将能够通过新的高性能计算和基因组分析技术,以及来自英特尔和联想的相关资源和专业知识,进一步加速他们对新型冠状病毒基因组特征的研究。该技术将支持科学家研究病毒的毒性、传播方式以及病原体与宿主的相互作用,进而助力流行病学和疫苗设计研究。这样的工作对于创造更好的诊断方法和设计有效的疫苗或未来的免疫疗法等其他保护措施是必要的。实验人员正在操作华大基因DNBSEQ-T7测序仪(图片由华大基因提供) 通过此次合作,华大基因将不断优化新冠病毒检测试剂盒,获取大量有价值的信息。这些信息将有助于确定未来开发有效疫苗或治疗的潜在目标。通过英特尔与联想的共同努力,联想的超算技术支持并优化了“基因组优化和可扩展性工具”(简称GOAST,是首款通过英特尔?认证的基因组分析工具),可提供高达40倍加速,帮助华大基因优化计算流程,高效处理数据,更快生成可靠的基因组分析结果,从而缩短科研和临床观察的时间。 “我们对这种新型基因还知之甚少华大基因通过分析病毒的基因组数据,加速了感染者的快速识别和基因组特征的研究,而这些工作需要巨大的计算资源,这正是我们可以发挥作用的地方。”王锐,英特尔营销集团副总裁兼中国区总经理表示,“因此,我们紧密合作,提供更多的计算资源希望在专业的支持下,与狡猾的病毒赛跑,助力疫情防控,挽救更多生命。” 联想集团高级副总裁、企业技术集团总裁童福耀表示:“新冠肺炎疫情牵动着全国人民的心。作为全球领先的HPC厂商,联想一直致力于为生命科学研究提供计算支持。来自英特尔和联想的大数据分析和健康与生命科学专家将整合我们的资源和专业知识,帮助解决当前严峻的挑战,推动健康与生命科学的发展。》华大DNBSEQ-T7测序仪(图片由华大提供) 在基因测序工作中,每毫升体液中通常含有数百万个不同的病毒体,每个病毒体的基因组中含有约3万个DNA碱基或字母。许多感染患者和疑似感染患者的微生物基因,因此这些研究工作将产生TB级甚至PB级的海量数据,要高效快速地处理这些重要数据,需要采用更先进的HPC基础设施、计算技术和优化的基因组分析方法。华大基因首席信息官金祥谦表示:“华大基因对数百个临床样本进行了测序,以分析和区分感染的并发症。生物信息学领域的技术,如基因组比对、基因组组装、基因组注释、病毒核酸片段的系统分析等,是一个高密度的计算过程,因此充分的高性能计算对于提高分析效率至关重要。获得最新的高性能计算和基因组分析技术是提高分析效率的重要因素。该设备和技术将加快新型冠状病毒感染患者的快速识别和病毒基因组特征研究,为新型冠状病毒的精准诊疗和疫情防控提供有力支撑。“
