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使用python解决常见格式医学图像阅读(NII,DICOM,MHD)

时间:2023-03-08 13:07:14 网络应用技术

  RAW+MHD格式是一种常见的医疗图像格式。每个患者的数据包含一个MHD文件和一个具有相同名称的原始文件。MHD是元标题数据,数据头信息和RAW商店像素信息。需要用于使用SimpleItk库的方法,我们需要在Python环境中安装相应的库

  MHD+RAW的数据通常是三维数据。我们可以从MHD文件中读取数据的特定信息,例如图像大小,切片大小,像素大小和其他信息。使用sitk.readimage()读取图像,并使用sitk.getArrayfromimage()获取图像矩阵。特定代码如下:

  DICOM(医学中的数字成像和通信)是医学数字成像和通信,它是医学图像和相关信息的国际标准(ISO 12052)。DICOM广泛用于放射医疗,心血管诊断和放射学诊断和诊断设备中(X -Ray,CT,核磁共振,超声等),并已在其他医学领域(例如眼科和牙科)中广泛使用。所有患者的医学图像都存储在DICOM文件格式中。使用Python读取pythonDICOM图像要完成Pydicom库和SimpleItk库。由于在医疗图像处理领域,不同的图像需要使用不同的窗口宽度窗口来导出图像。在以下代码中,我添加相应的代码。

  使用PYDICOM方法的特定代码如下:

  使用SimpleItk方法的特定代码如下:

  医学图像尽早使用了DICOM标准。基本上,各种制造商将使用符合DICOM标准的产品,但是该标准对于数据分析并不方便。各种数据存储标准诞生于神经图像的兴起,例如分析。带走了其他组织的其他专家来建立一个工作组,并为Neuro图像制定了新的数据存储标准,称为NIFTI。阅读NIFTI格式图像以读取NII后缀,需要使用Nibabel库安装NII后缀

  使用Nib.load()函数读取图像数据,数据obj是图像矩阵